Blas M. Benito

Subtitle

My very first (short) talk at the Biodiversity and Ecoinformatics group (Aarhus University).

The last May 16 there was the first Annual Status event at the Biodiversity and Ecoinformatics group of the Department of Bioscience (Aarhus University). During this event all (well, not all) members of the group delivered a 5 minutes presentation (3 minutes of questions) about their ongoing projects.
During the event I presented my preliminary ideas on the modelling part of the Neanderthal Heritage project running at the Center for Biocultural History. If you want to have a look at the slideshow, you can download it from here.

Mi primera presentación (corta) en el grupo de Biodiversidad y Ecoinformática (Universidad de Aarhus).

El pasado 16 de Mayo fue el primer evento "Annual Status" del grupo de Biodiversidad y Ecoinformática del Departamento de Biociencias (Universidad de Aarhus). Durante este evento, prácticamente todos los miembros del grupo hicieron presentaciones de 5 minutos sobre sus proyectos en curso.
Durante el evento presenté mis ideas preliminares en la parte de modelización del proyecto Neanderthal Heritage del Center for Biocultural History. Si quieres echarle un vistazo a la  presentación, la puedes descargar desde aquí.

New postdoc at Aarhus University (Denmark)

The next May 1st I'll be moving to Aarhus to start a postdoc at Aarhus University. I'll be working both at the Ecoinformatics and Biodiversity Group (ECOINF), and the Centre for Biocultural History. This is a highly interdisciplinary team seeking anthropological, archaeological, genomic, ecological and historical insights into human evolution. My objective there will be to focus on the ecological niche and distribution of Neanderthals, combining data on Neanderthal occurrences, paleoclimate reconstructions and co-occurring taxa to improve knowledge on the habitat and climate requirements of this hominin species.


Brody Sandel, Assistant Professor at AU (Section for Ecoinformatics and Biodiversity), will be my supervisor. I will be also under the co-supervision of Jens-Christian Svenning (Section for Ecoinformatics and Biodiversity), Mikkel Heide Schierup (Bioinformatics Research Centre), Thomas Mailund (Bioinformatics Research Centre), Peter C. Kjaergaard (Department of Culture and Society; History of Ideas) and Felix Riede (Department of Culture and Society; Prehistoric Archaeology). I will also work with another postdoc focused on genetic studies of Neanderthals, and with Trine Kellberg Nielsen, who is working on a PhD about the distribution of Neanderthals.


This is an incredibly exciting opportunity for me, and I am looking forward to meet the team and start working (having fun) in such a beautiful topic. 


I'll see you there!

Me voy de postdoc a la Universidad de Aarhus (Dinamarca)

El próximo 1 de mayo me mudo a Aarhus para comenzar una postdoc en la Universidad de Aarhus. Voy a trabajar simultáneamente en el Ecoinformatics and Biodiversity Group (ECOINF), y el Centre for Biocultural History. Este último es un centro multidisciplinar que tiene por objetivo estudiar la evolución humana desde una perspectiva antropológica, arqueológica, genómica, ecológica e histórica. Mi trabajo se centrará en el nicho ecológico y distribución de los Neanderthales, combinando datos de ocurrencia, paleoclima, y especies acompañantes para mejorar el conocimiento sobre su hábitat y requerimientos climáticos.


Mi supervisor directo será Brody Sandel, Assistant Professor en la AU (Section for Ecoinformatics and Biodiversity). Mis co-supervisores serán Jens-Christian Svenning (Section for Ecoinformatics and Biodiversity), Mikkel Heide Schierup (Bioinformatics Research Centre), Thomas Mailund (Bioinformatics Research Centre), Peter C. Kjaergaard (Department of Culture and Society; History of Ideas) y Felix Riede (Department of Culture and Society; Prehistoric Archaeology). También trabajaré con otro postdoc en genómica y Trine Kellberg Nielsen, que está trabajando en su tesis doctoral sobre la distribución de los Neanderthales.


Esta es una oportunidad fantástica para mi, y estoy deseando encontrarme con el equipo para empezar a trabajar (o pasármelo bien) en este tema tan bonito.


Os veo por allí!

Paper accepted in Diversity and Distributions

The last week, my paper entitled "Forecasting plant range collapse in a Mediterranean hotspot: when dispersal uncertainties matter" was accepted for publication by the journal Diversity and Distributions

Good news for me, indeed, since to publish this paper has been harder than average: 6 submissions to different journals, 2 unaffordable major revisions, 1 start from scratch, and 4 rejections without review during 3 years...

If you are interested in this paper, you can check out the poster in Figshare, or you can download the preprint.

Artículo aceptado en Diversity and Distributions

La pasada semana me aceptaron en la revista Diversity and Distributions el artículo titulado "Forecasting plant range collapse in a Mediterranean hotspot: when dispersal uncertainties matter".
Una buena noticia para mi, porque publicar este artículo ha sido duro: 6 envíos a revistas diferentes, 2 "major revisions" inabordables, hacer las simulaciones y escribir el artículo desde cero, 4 rechazos sin revisión, y todo durante 3 años...
Si estás interesado en este artículo, puedes ver el póster en Figshare, o puedes descargar el preprint.

Modelling course: "Practical Introduction to Species Distribution Models"

During the days 14 to 17th October I will be teaching (in spanish) the course entitled "Practical Introduction to Species Distribution Models" in my research center (http://www.ceama.es/en). This course is organized by the Spanish Association of Terrestrial Ecology (http://www.aeet.org/).

The objective of this course is to help the students to develop the required ability to work with Species Distribution Models using R (Dismo), OpenModeller and MaxEnt. 

The course includes the following modules:

  • Theoretical introduction (4h).
  • Basic GIS concepts to work with SDMs (3h).
  • OpenModeller (2h).
  • MaxEnt (2h).
  • Dismo: GLM, GAM, Random Forest, Support Vector Machines (4h).
  • Applying thresholds and ensemble model forecasting (2h).
  • Practical case of SDM application developed by the students (7h).
  • Presentation of the practical cases (2h).
  • Discussion and conclusions (2h).

The target audience are both researchers (PhD students, postdocs and faculty members) and technicians (despite the course is a bit biased towards research...).

For further information, you can download the flyer (in spanish) or you can go to the course webpage. You can also use the Contact Me section of this page to ask me questions about the course.

I'll see you in Granada!

Curso de modelos: "Introducción Práctica a los Modelos de Distribución de Especies"

La semana del 14 al 17 de octubre impartiré el curso titulado "Introducción Práctica a los Modelos de Distribución de Especies" en el Centro Andaluz de Medio Ambiente (http://www.ceama.es). El curso está organizado por la Asociación Española de Ecología Terrestre (http://www.aeet.org/).

El objetivo del curso es ayudar a los alumnos a desarrollar las habilidades técnicas necesarias para trabajar con Modelos de Distribución de Especies usando R (Dismo), OpenModeller y MaxEnt.

El curso incluye los siguientes módulos:

  • Introducción teórica (4h).
  • Conceptos básicos de SIG para trabajar con modelos de distribución (3h).
  • OpenModeller (2h).
  • MaxEnt (2h).
  • Dismo: GLM, GAM, Random Forest, Support Vector Machines (4h).
  • Umbrales de corte y ensamblado de modelos (2h).
  • Desarrollo del caso práctico (7h).
  • Presentación de los casos prácticos (2h).
  • Discusión y conclusiones (2h).

La audiencia objetivo son investigadores (predoc, postdoc y profesores de universidad) y técnicos (aunque el curso tiene cierto sesgo hacia la investigación...).

Para más información, puedes descargar el tríptico, o puedes visitar la página web del curso. También puedes usar la sección Contact Me de esta página web para preguntarme cualquier duda que se te presente.

¡Os veo en Granada!

Congress "Adapting to Global Change in the Mediterranean Hotspot"

The 18, 19 and 20th September 2013 I attended the congress "Adapting to Global Change in the Mediterranean Hotspot", held in Seville, and organized by the Doñana Biological Station (EBD-CSIC). This congress was funded by the interesting EcoGenes project, which is leaded by the EBD, but involves a prestigious group of collaborators. The list of speakers was great (see here for the list and the abstracts), and the talks covered topics like phenotipic and population responses to climate change, emergent diseases, biotic interactions, biological invasions, or responses to past global change.

In this congress I presented the poster entitled "To migrate or not to migrate, that is the question: forecasting plant extinction under climate change in a Mediterranean hotspot with a Stochastic Dynamic Species Distribution Model" (you can download it from here, or you can see and download it from Figshare). In this poster I present the results of a massive range-shift simulation with realistic dispersal of 176 Mediterranean plant species, with the objective to predict critical range collapse and extinction. This poster is a summary of the paper entitled "Forecasting plant range collapse in a Mediterranean hotspot: when dispersal uncertainties matter", recently accepted for publication by Diversity and Distributions (download preprint from here).

Congreso "Adapting to Global Change in the Mediterranean Hotspot"

Los días 18, 19 y 20 de septiembre de 2013 acudí al congreso "Adapting to Global Change in the Mediterranean Hotspot" celebrado en Sevilla, y organizado por la Estación Biológica de Doñana (EBD-CSIC). El congreso está financiado por el interesante proyecto EcoGenes, liderado por la EBD, pero que implica a un prestigioso grupo de colaboradores. La lista de ponentes es fantástica (puedes ir aquí para ver la lista y los resúmenes de las charlas), y las charlas cubrieron temas como respuestas fenotípicas y poblacionales al cambio climático, enfermedades emergentes, interacciones bióticas, invasiones biológicas, o respuestas al cambio climático pasado.

En este congreso he presentado el póster titulado "To migrate or not to migrate, that is the question: forecasting plant extinction under climate change in a Mediterranean hotspot with a Stochastic Dynamic Species Distribution Model" (puedes descargarlo desde aquí, o puedes verlo y descargarlo desde Figshare). En este póster presento los resultados de una simulación de migración con dispersión realista para 176 plantas mediterráneas, con el objetivo de predecir cambios en el área de ocupación y extinción potencial ante el cambio climático. Este póster es un resumen del artículo titulado "Forecasting plant range collapse in a Mediterranean hotspot: when dispersal uncertainties matter", recientemente aceptado para su publicación en Diversity and Distributions (puedes descargar el preprint desde este enlace).

Workshop at Baltimore: "Conserving the Stage"

Recently I have been invited (by surprise, and thanks to my friend Fabio Suzart de Albuquerque) to the workshop entitled "Conserving the Stage". This workshop is organiced by Paul Beier, the head of the Paul Beier Lab of Conservation Biology and Wildlife Ecology (Northern Arizona University), Malcolm Hunter (Department of Wildlife Ecology, University of Maine) and Mark G. Anderson (The Nature Conservacy www.nature.org/). The workshop will be held 20-21 July in Baltimore (Maryland, USA).

In words of the organizers, "The appeal of “conserving the stage” is grounded in fundamental concepts of ecology, and in common-sense arguments that the fine-filter (one species at a time) approach is not a practical way to conserve biodiversity in a rapidly changing climate. Our workshop will identify major research priorities to improve the scientific basis of the approach, including ecological research (e.g., evaluating how well a reserve network based on land facets covers today’s biodiversity, or developing procedures to identify areas with high and stable primary productivity during recent extreme climate events) and social science research (e.g., the degree to which civil society, agency personnel, and other stakeholders support coarse filter approaches)."

I'm looking forward to take a flight to Baltimore!

Workshop en Baltimore: "Conservando el Escenario"

Recientemente me han invitado (por sorpresa, y gracias a mi amigo Fabio Suzart de Albuquerque) al workshop titulado "Conservando el Escenario". El workshop está organizado por Paul Beier, líder del Paul Beier Lab of Conservation Biology and Wildlife Ecology (Northern Arizona University), Malcolm Hunter (Department of Wildlife Ecology, University of Maine) y Mark G. Anderson (The Nature Conservacy www.nature.org/). El workshop tendrá lugar entre el 20 y 21 de julio de 2013 en Baltimore (Maryland, USA).

En palabras de los organizadores (traducción libre!): "El atractivo de 'conservar el escenario' se basa en conceptos fundamentales de la ecología, y en la dificultad de usar aproximaciones basadas en especies en un clima que cambia rápidamente. Este workshop tratará de identificar las prioridades de conservación para mejorar la base científica de esta aproximación, incluyendo investigación ecológica (por ejemplo, evaluando como las reservas basadas en heterogeneidad ambiental representan la biodiversidad actual) y la investigación en ciencias sociales (por ejemplo, en qué grado esta aproximación puede ser entendida y apoyada por los gestores del medio natural)."

¡Estoy deseando tomar un avión hacia Baltimore!

Visit to the Pyrenean Institute of Ecology

A few months ago I taught a GIS course (Quantum GIS and GRASS GIS) at the Pyrenean Institute of Ecology (http://www.ipe.csic.es, CSIC, Zaragoza), invited by Miguel Sevilla (we taught the course together). During that week I had the opportunity to meet the people of the Paleo IPE team, but I didn't had enough time to talk with them about collaboration, so I decided to return as soon as possible. Said and done, I returned, and I have been there for a whole week, living at the home of Miguel Sevilla, Graciela Gil-Romera, and Mateo (thank you family!).

If you don't know anything about them, the Paleo IPE team (Blas Valero Garcés, Penélope González Sampériz, Ana Moreno Caballud, Graciela Gil-Romera, Miguel Sevilla Callejo, Josu, Eduardo, Fernando, Laura, Raquel, Maite, etc...) is focused on the research of environmental change during the Late Pleistocene and Holocene in the north-eastern Iberian Peninsula (check out their Dynamo project).

Our objective was to stablish a collaboration to mix dynamic distribution models with paleoecological evidences to simulate landscape dynamics over time, and now we have several projects on the run, which I hope to see converted into beautiful papers the following months!

It has been some kind of cathartic experience for me, because they (everyone of them) are absolutely amazing, both in the scientific 'arena', and as beautiful human beings, and I have connected with the whole group in a very special (and unexpected!) way. Furthermore, I learnt (just a bit, the whole would take several human lifes) about paleoecological methodologies, and specially, to admire the large amount of patience and creativity required to explore the past using proxies! This week there has boosted my imagination, and showed me the way to extend the temporal scope and the relevance (I hope!) of my own work. But most importantly, I made lots of very good friends. I whish to work (and party!) a lot with them in the near future.

Thank you from the heart, guys!

Visita al Instituto Pirenáico de Ecología

Hace unos meses impartí un curso de SIG (Quantum GIS y GRASS GIS) en el Instituto Pirenáico de Ecología (http://www.ipe.csic.es, CSIC, Zaragoza), invitado por Miguel Sevilla (dimos el curso juntos). Durante esa semana tuve la oportunidad de conocer a los investigadores del grupo Paleo IPE, pero no tuve tiempo suficiente para hablar con ellos sobre colaboración, por lo que decidí volver tan pronto como fuera posible. Dicho y hecho, volví, y he estado allí vivendo una semana en el hogar de Miguel Sevilla, Graciela Gil-Romera, y Mateo (¡muchísimas gracias, familia!).

Si no sabes nada sobre ellos, el equipo Paleo IPE (Blas Valero Garcés, Penélope González Sampériz, Ana Moreno Caballud, Graciela Gil-Romera, Miguel Sevilla Callejo, Josu, Eduardo, Fernando, Laura, Raquel, Maite, etc...) trabaja en la reconstrucción de los cambios ambientales acaecidos durante el Pleistoceno Tardía y el Holoceno en el noroeste de la Península Ibérica (puedes ver su proyecto Dinamo).

Nuestro objetivo común era establecer una colaboración para unir modelos de distribución dinámicos con evidencias paleoecológicas para simular la dinámica del paisaje en el tiempo, y hemos conseguido fijar varios objetivos que espero ver convertidos en preciosos papers durante los próximos meses.

Mi pequeña estancia allí ha sido una especie de experiencia catártica, porque todos ellos son fantásticos, como científicos, y como personas excepcionales, y he conseguido conectar con ellos de una forma especial (e inesperada). Además, he aprendido (un poco, aprenderlo todo llevaría varias vidas enteras) sobre metodologías de paleoecología, pero sobre todo, he aprendido a admirar la gran cantidad de paciencia y creatividad requerida para explorar el pasado mediante proxies. Esa semana allí a disparado mi imaginación, y me ha mostrado formas de extender el marco temporal y la relevancia de mi propio trabajo. Pero más importante, he hecho muy buenos amigos, con los que espero trabajar (y pasarlo bien) mucho en el futuro próximo.

Muchas gracias a todos desde el corazón.

IX Course GBIF.es on Ecological Niche Modelling

During the days 28 to 31 May 2013 I taught a course on species distribution models  at the Spanish GBIF node (www.gbif.es), which was live broadcast through the internet CSIC channel (www.cienciatk.csic.es they will share the videos soon!). The group of students was quite heterogeneous, and there were technicians, PhD students, post-docs and university professors focused on different areas of environmental sciences. Particularly surprising (just for me) is the yearly increase marine ecologist (seven this year), which demonstrates that the applications of species distribution modeling are raising in this interesting discipline. As every year, the course has been a beautiful and fulfilling experience for me, because the students were outstanding, I made new friends, and several exciting collaborations emerged. I also had the opportunity to meet Dr. Jorge Lobo, who delivered an interesting and funny speech about the importance of high quality presence-absence data.


I am very grateful to Francisco Pando, the coordinator of the Spanish GBIF node, for inviting me to taught this course again (this is the third year!), and to Cristina Villaverde, who made this course possible, as every year. 


If you are interested in the slides, working examples and any other stuff, I encourage you to check out www.cienciatk.csic.es, because they will share the videos soon, and to download the course material (unfortunately it is in spanish!) from the following links:

Warning: the files were compressed with 7-zip (do not hesitate to download and install this software, is open, free, and very powerful!): www.7-zip.org

Software

Session 1

Session 2

Session 3

Video 1: Introduction to Species Distribution Models (all videos in spanish)
Video 2: The Modelling process (I)
Video 3: The modelling process (II)
Video 4: The applications of Species Distribution Models
Video 5: Calibration and evaluation methods (I)
Video 6: Calibration and evaluation methods (II)
And more to come!

Captain America explaining weird stuff...
El Capitán América explicando cosas raras...
WithFranciscoPando andJorge Lobo (great guys!).
Con Francisco Pando y Jorge Lobo (¡dos grandes tipos!).

IX Curso GBIF.es de Modelización de Nichos Ecológicos

Durante los días 28 a 31 de mayo de 2013 impartí un curso de modelos de distribución de especies en el nodo español de GBIF (www.gbif.es), que fue emitido en directo por el canal del CSIC en internet (www.cienciatk.csic.es compartirán los vídeos en breve!). El grupo de estudiantes de este año fue bastante heterogéneo, con técnicos, estudiantes de doctorado, post-docs, y profesores de universidad trabajando en distintas áreas de ciencias de la tierra. Particularmente sorprendente (sobre todo para mi) es el incremento progresivo de ecólogos marinos (siete este año), hecho que demuestra como las aplicaciones de los modelos de distribución de especies son cada vez más frecuentes en esta interesante disciplina. Como cada año, ha sido una experiencia fantástica impartir el curso, porque los estudiantes eran ejemplares, hice nuevos amigos, y surgieron colaboraciones muy interesantes. También tuve la oportunidad de conocer al Dr. Jorge Lobo, que dio una interesante y divertida charla sobre la importancia de tener datos de presencia-ausencia de gran calidad.

Estoy muy agradecido a Francisco Pando, el coordinador del nodo español de GBIF, por invitarme de nuevo a impartir el curso (este es el tercer año), y a Cristina Villaverde, que hizo posible la realización del curso, como cada año.

Si estás interesado en el material del curso, te recomiendo que de vez en cuando te pases por www.cienciatk.csic.es, porque en algún momento colgarán los vídeos de las sesiones, y que te descargues el material del curso desde los siguientes enlaces:
Aviso: los ficheros fueron comprimidos con 7-zip (no dudes en descargarlo e instalarlo en tu ordenador, es abierto, gratis, y ¡muy potente!) www.7-zip.org

Software

Sesión 1

Sesión 2

Sesión 3
Vídeo 1: Introducción a los modelos de nicho ecológico
Vídeo 2: El proceso de modelado (I)
Vídeo 3: El proceso de modelado (II)
Vídeo 4: Aplicaciones de los modelos de distribución
Vídeo 5: Técnicas de calibrado y evaluación (I)
Vídeo 6: Técnicas de calibrado y evaluación (II)
Y pronto vendrán más!
Explaining (or trying to explain) Maxent.
Explicando (o intentando explicar) Maxent.

The great Jorge Lobo talking about how much important are absences.

El gran Jorge Lobo hablando de la importancia de las ausencias.

XI National AEET Congress

XI Congreso Nacional de la AEET

Between the 6 and 10 of may (2013) I attended the XI National Congress of the Spanish Association of Terrestrial Ecology, held in 'El Sario' building, at the Public University of Navarra (Pamplona, Spain).

At the congress I presented the oral communication entitled "Spatial dynamics of Pyrenean oak forests simulated with Agent Based Models (MIGRAME project)". If you want to take a look, you can download the presentation, and the text (both in spanish, I'm sorry!). Adobe Acrobat is required to run the animation about the model that is embedded in the presentation. Also, you can see the animation on Vimeo.
En la semana del 6 al 10 de mayo de 2013 asistí al XI Congreso Nacional de la Asociación Española de Ecología Terrestre, celebrado en el edificio 'El Sario', de la Universidad Pública de Navarra (Pamplona, España).

En este congreso presenté la comunicación oral titulada "Dinámica espacial del robledal simulada con Sistemas Multi-Agente (proyecto MIGRAME)". Si quieres darle un vistazo, puedes descargar las diapositivas y el texto que les corresponde. Para ver la animación sobre el modelo que está en la presentación, necesitarás Adobe Acrobat. También puedes ver la animación en Vimeo.

IX Course GBIF.es on Ecological Niche Modelling

The inscription period for the workshop on Ecological Niche Models organized by the GBIF Coordination Unit in Spain that I will teach at the Real Jardín Botánico (Madrid, Spain) between may 28 and 31 (2013) is now open. The applications for the course (which is free of charge) should be send to [email protected] before april 24. This year (my third one) the course will be broadcast on-line through the science channel of the Consejo Superior de Investigaciones Científicas named CIENCIATK, so you will have the option to follow the course on-line. If you need further information, as the organization of the lectures, or the content of the course, please visit the course's page. Also, you can visit the page of the course given in 2012, were you'll find the material and slideshows used during the course, and videos of the lectures. Please, do not abuse them, or you will eventually hate me!. I'll see you in Madrid!

IX Curso GBIF.es de Modelización de Nichos Ecológicos

Ya esta abierto el periodo de inscripción para el taller sobre Modelos de Nicho Ecológico que impartiré para la Unidad de Coordinacion de GBIF en España en el Real Jardín Botánico (Madrid) del 28 al 31 de mayo (2013). Las solicitudes de inscripción para el curso (que no tiene coste de matriculación) deben enviarse a [email protected] antes del 24 de abril. Este año (el tercero que doy el curso) las sesiones se emitirán en directo por internet a través del canal CIENCIATK del Consejo Superior de Investigaciones Cinetíficas, así que podrás seguirlo desde casa. Si necesitas más información, como conocer la organización de las sesiones o el contenido del temario, visita la página del curso. También puedes visitar la página del curso del año pasado, donde encontrarás el material de prácticas, las presentaciones, y los vídeos de las sesiones. No abuses de ellos, ¡o acabarás odiándome!. ¡Os veo en Madrid!.

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